利用 partykit 進行遞迴區分 (recursive partitioning)

2011年11月19日 星期六
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遞迴區分 (Recursive partitioning) 是一種多變量分析的統計方法。遞迴區分,基於一些可二分的 (dichotomous)相依變數,試圖建立一個可以正確分類成員的決策樹。 雖然遞迴區分多用於醫療診斷測試,但其實它的應用程度相當廣泛。 相較於迴歸分析會建立一個公式,讓醫療照護者從中計算一個病患擁有疾病的機率;遞迴區分所建立的規則像是「如果病患身上有...
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你看過 R 食譜了沒?

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Yanchang Zhao 於 R-bloggers 上介紹了一個學習 R 的好網站 :  http://code.ca-net.org/R%20Cookbook。基於不藏私的理念,站主想將此分享給欲學習 R 的人們。 使用 R cookbook,你可以: 藉由 RSQLite、RMySQL、RdbiPgSQL、RODBC...
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美女科學家對於人類新生基因起源的觀點

2011年11月11日 星期五
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2011 一月, Aoife McLysaght 在都柏林的一場演講 在最新一期的 PLoS Genetics,愛爾蘭的演化生物學家 Aoife McLysaght 寫下了她對於人類新生基因 (De novo gene) 起源的觀點。(PLoS Genetics, 2011) 相較於其它對於此一問題的答案,比如...
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將 DNA 重新放入 DNA 甲基化裡

2011年10月29日 星期六
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長期以來, DNA 甲基化模式的由來一直都是個謎。最近的一個研究結果帶來了重大的突破, DNA 本身的序列便是決定此模式的重要因素。 引用 Adrian Bird 的說法,「 Dirk Schubeler 以及他的同事們進行了一個『優美的』實驗,建立了掌管 DNA 序列和甲基化模式之間關係的規則。...
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利用 R 製作台灣地圖

2011年10月15日 星期六
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photo credit: ClipArt ETC 這一篇文章的重點有二: 提供製作台灣地圖的 R 指令以及相關資源 顧慮到色盲人士的視覺效果下,給與色彩配製上的建議、方法 話不多說,R 的指令為:...
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將資料視覺化的價值

2011年10月12日 星期三
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Column Five 製作的影片,「將資料視覺化的價值」 ( The Value of Data Visualization ),看起來真是可口啊。(棒極了) The Value of Data Visualization from Column Five on Vimeo. 筆者非常喜歡影片使用簡約的顏色,富有創意的場景轉換,以及他們試圖傳達的核心概念。 視覺化資料的價值在於有更好的溝通,帶來更棒的創新! DATA...
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歷年諾貝爾獎獎落何處?讓圖表告訴您

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Photo credit: Wikipedia 自 1901 年起,除了 1940 至 1942 之外 (因為德軍佔領挪威),每年頒發的諾貝爾獎都落入那些國家的手中呢? 美國商業週刊《富比士》喬恩布魯納 ( Jon Bruner ) 製作了一張漂亮清楚的圖表,每個點代表獲取一個獎項。呈現出主要得獎國的獲獎情...
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為什麼富含鳥嘌呤的DNA序列會妨礙轉錄

2011年10月6日 星期四
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人們已知許多的 DNA 序列因為能夠形成特別的結構因此影響轉錄,從而參與了基因表現量的調控甚或是基因體的穩定性。在眾多可能的序列之中,富含鳥嘌呤 (Guanine) 的 DNA 片斷因為在近年於免疫及端粒上的研究,逐漸為人所知,重要性日益增加。而在不同環境條件的測試下研究人員發現了,轉錄機制的阻撓 (transcription...
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剪開細胞多能性的奧祕

2011年10月3日 星期一
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photo credit:Cell 擁有萬能分化性(pluripotency)的細胞,因為具有轉化成其它超過兩百種細胞的能力,被寄予厚望成為未來治療疾病的新方法,可能用來訂做並取代損壞的組織。 就在今年(2011),嘉伯特 (Gabut) 與他的同事們的研究帶來了一則突破性的發展。他們找到了一個能直接調控負責多能性功能的基因(pluripotency...
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如何以科學讀者的身分了解科學

2011年9月25日 星期日
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photo credit:《科學人》 林翰昌的"如何以科幻讀者的身分了解科幻"一文涵蓋廣泛,深入淺出,無論是試圖從理論與實務端了解科幻的人都應能於當中獲得啓發。儘管以「科幻」為名,然而竊以為當中所提許多論點皆可以作為「科學」研究者比較參考,進而提升在自身研究領域中的素養。 相信讀畢該篇文章的科學讀者自會產...
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知性優雅的 BBC Knowledge

2011年9月21日 星期三
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優雅的氣氛籠罩著影片 當我們說到重新歸零,從零開始,指的是一個人下定主意脫胎換骨,然而對這部推銷 BBC Knowledge 頻道與雜誌的影片來說,則是所有畫面推進的核心。 無論是行星軌道、地球上的網路、細胞核的組成⋯影片都巧妙地運用零的「圓形」,佈置在影片的中心,踏著優雅的步伐充滿趣味地展現出人們知悉的科學事實。尤其是從...
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知識結合藝術般的呈現,是最美麗的境界

2011年9月18日 星期日
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當提到了科學新聞或科學影片,你的心中會浮現怎樣的畫面呢?樸素的畫面,單調的故事情節,缺乏美感和動人的元素?然而這些都不會在班傑明亞瑟 (Benjamin Arthur) 的作品裡出現。 羅伯特庫魯威希 (Robert Krulwich) 是國家公共廣播 (National Public Radio,簡稱 NPR)  的專欄作家,擅長深度剖析複雜事務。他與動畫師班傑明亞瑟的合作帶來了許多精彩的科學影片。其中最受人激賞與引發最多討論的,無非就是"為什麼我們無法走直線?"了。這部影片自從 2010-11-22 上傳 youtube 後至今,已經有十七萬的點閱數; 優雅、有趣、故事裡的口白帶著一絲神祕,使得這部影片大獲成功而令人印象深刻。 ...
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怎樣的生命科學課程才算完滿

2011年9月16日 星期五
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怎樣的生命科學課程才算完滿?特別是針對研究所的學生而言,面臨的難題可不少,除了資訊爆炸,系統化的教學內容趕不上研究成果累積的速度之外,現代的生物醫學研究更需要跨領域的知識與技能以解決眼前的題目。而使情況更糟糕的是,調查發現傳統的系統生物學、生物化學、分子生物學⋯等課程的設計幾年來都維持不變,除了學會了使用 PowerPoint...
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