研究演化的 R 套件：RPHAST

筆者會注意到 PHAST 的原因首先是因為身邊同事使用 PhastCons 的輸出資料進行分析，然後接著因為自己手上新題目的需要而尋找適當的工具，結果找到了 RPHAST ─ 一個 R 版本的 PHAST。

RPHAST 的官方下載網頁：http://compgen.bscb.cornell.edu/rphast/
原始文件：PHAST and RPHAST: phylogenetic analysis with space/time models. Brief Bioinform (2011)
http://bib.oxfordjournals.org/content/12/1/41


沒用過倒算了，一試用才發現這實在是太好用了。與同樣頂頂大名的 PAML 相比，RPHAST 可說像是有視窗介面的 windows 3.1 ，而 PAML 則是醜陋又 bugy 的 DOS。RPHAST 提供了足夠充分的說明文件，而且安裝起來快速容易，真是揪感心啊。

若是需要分析基因體，官網裡的 vignette1.pdf 以內建的番茄第二號染色體為例，示範了讀取 alignments、features，以及用 PhyloFit, PhyloP 與 phastCons 評估 neutral model 的方法。簡單清楚。

僅僅  ~50 行的 R 程式碼，就能產出這張圖

USCS 的 Table Browser 裡也可以找到 phastCons table，只是很可惜地對 human genome 來說，只有提供 44 個物種的比對 (phastCons44wayPrimates)。但其實若只是想要 (ultra-) conserved region 的座標，在這裡拉拉選選就可以得到輸出，省去了自己執行程式的過程，也是很愜意啊。

PHAST，最早是 2002 年由 Cornell University 的助理教授 Adam Siepel 開啟的計畫，到 2006 年都陸續有相關著作，然而卻突然地中斷，直到 2010 年 Melissa J. Hubisz 的加入，在 2010 年和 2011 年大爆發在 Genome Research、 Briefings in Bioinfomatics 等期刊發表著作。 若您好奇 PHAST/RPHAST 與其他工具的差別，可以見其官方網頁"Comparison with Other Packages"