Via INSIDE — Instagram創辦人Krieger談產品設計的八條原則
如何做出優秀的應用程式？「仔細觀察人們在生活中真正需要什麼，而不是瞎猜」— Krieger， Instagram 創始人
「要想真正建立某個產品來解決問題，你得比人們更了解他們自己。」—...
網路語錄 - 11/30/2012 Fri
2012年11月30日 星期五
via MYDESY
可計算的關係，不可計算的生活 — 數字時代的數字論
「人們將在前所未有的深度和廣度上自動地收集和利用數據，為社會科學的研究服務。」— 大衛·拉澤（David Lazer）美國哈佛大學學者
「人人網」從實踐中總結出以下值得重點關注的研究點：社會關係強度、信息的絕對價值和相對價值、新鮮事排序算法、隱私性以及社會化搜索。
群體智慧的典型應用是「維基百科」和「百度知道」。這些互聯網平台系統不僅幫助用戶相互溝通聯繫，更重要的是將用戶組織起來，發揮他們的群體智慧，以協作的方式一起創造、加工和分享知識。
我們對人們心理和情感的理解卻仍然可能處於十分幼稚的階段，僅僅依靠算法，遠遠還不能懂得人心。騰訊近期提供試用的新產品QQ圈子就是一個例子。這款產品能夠根據QQ後台的數據為他們實名推薦好友，但用戶卻被騰訊對他們社交網絡的精確了解所驚駭，乃至恐慌和憎惡。
KK在其所著的一書《失控》中曾提出，上傳全部的生活已經是人類不可阻擋的命運，但終究還是會有區分，哪些是用戶真正願意的，哪些是還不能讓人接受的。或者說，一切都還需要時間來讓人們適應。
Photos...
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jQuery 基本概念摘要
Via Sixrevisions, impressivewebs
Getting Started with jQuery
jQuery Tutorial for Beginners: Nothing But the Goods
===============
PART 1
===============
要徹底發揮 jQuery 的威力，通常你要對 CSS 有充足的了解。至少要了解
Type selectors
Class selectors
ID selectors
Descendant selectors
Child selectors
Attribute selectors
CSS specificity
The cascade & inheritance
※ 這些應該都是現代前端工程師所必備的知識
The jQuery wrapper
$("li a"); // 這個等同於下面的
jQuery("li a");
jQuery...
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jQuery
網路語錄 - 11/29/2012 Thu
2012年11月29日 星期四
Via MR JAMIE
日本的社群與手機遊戲市場，最成功，也最被關注的兩家公司，當然是非 DeNA 與 GREE 莫屬了。
DeNA 這家公司創辦於 1999 年，直到 2004 年切入手機電子商務與行動廣告業務，才算是找到了初步的商業模式。在 2009 年跨足社交遊戲，才一舉成為一家重量級的科技公司。一開始做的是跟遊戲完全沒有關係的拍賣網站。GREE...
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網路語錄 - 11/28/2012 Wed
2012年11月28日 星期三
今天閱讀網路世界時拾獲的語錄：
From INSIDE
「無人駕駛汽車、智慧型眼鏡就是這樣的產品。「我們把它們當做已有優勢的延伸——汽車是地圖能力的延伸，同樣地，眼鏡是通訊和在地服務的延伸。」 — Peter Norvig, Google's director of research
「9/11...
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語錄
如何在 scrapy shell 裡正確顯示中文
2012年10月4日 星期四
photo credit: molechaser
Scrapy shell 提供了很多互動方式，便於檢查網頁結構和設計的擷取規則究竟適當與否，是個非常方便的功能。然而要怎麼樣才能在 shell 裡看見中文字呢？答案很簡單 ─ 使用 print (或許加上 encode)
// 進入 scrapy shell
scrapy...
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crawling
crawler 軟體清單 & scrapy 的替代物
2012年9月29日 星期六
photo credit: Ian Sane
Scrapy 是什麼？來看看官方的定義：
Scrapy is a fast high-level screen scraping and web crawling framework, used to crawl websites and extract structured...
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crawling
在使用 Scrapy 之前: Scrapy 安裝方法
在使用 Scrapy 之前，有一些套件必須先安裝好：
Python 2.6 或 2.7
OpenSSL (除了 Windows 之外的作業系統都有配備)
pip 或 easy_install python 套件管理
▄▄▄
Scrapy 官方的安裝指南在開頭處寫說用 pip 或 easy_install...
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crawling
Hacker News 宗旨所教我的事
2012年9月14日 星期五
底下是部分 Hacker News (HN) 歡迎頁面的中文翻譯：
...這裡的文章不只是關於技術，因為好的電腦高手不僅僅是對技術感到好奇，而是擁有能夠「深度地好奇」的能力。然而什麼事情是「深度有趣」的？我們認為，是那些能夠幫助人們更了解這個世界的事情。比方說，一則關於搶劫的故事，可能不怎麼「深度有趣」。但倘若這則搶劫是某個大事件的前兆，是一個隱藏的趨勢，那麼可能它就是「深度有趣」。那，什麼東西是屬於「不深度有趣」的呢？關於名人的八卦、好笑或可愛的影音、圖片，宣傳黨派的政治文章等不是。如果這些東西被放上網站，它們會排擠真正「深度有趣」的事物，並且害它們漸漸被冷落。[註一]至於什麼是好的評論呢？這得看一則評論能教給我們什麼。這有兩個層面，比如指出之前沒有被提過的思考方向，以及提供更多關於該主題的資訊。從個人的經驗來說，像是「XD」或「這蠢斃了！」等等評論則什麼也沒教我們。[註二]...
註一：這令我想到有名的破窗理論...
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HN
Ubuntu 安裝 MongoDB，測試資料庫連結
在練習教學範例之前，必須先安裝 MongoDB。底下是在 Ubuntu 上安裝 MongoDB 的步驟：
步驟很簡單，只要鍵入：
sudo apt-get install mongodb
就是這麼簡單，你可以輸入 mongo 連結資料庫：
seyna@ubuntu:~/mongoDB$ mongo
MongoDB...
你以及你的研究 ─ Richard Hamming
2012年9月2日 星期日
「為什麼有些科學家能夠得到具有長遠影響的結果，而其他絕大多數都被遺忘了？」 Richard Hamming 時常問自己這個問題。
在具備高度競爭張力的 Bell 實驗室裡，人們相互競爭、相互學習模仿。綜合超過二十年以上的研究經驗，
Richard 在 1986 年的一場演講裡分享了「如何從事屬於你個人的研究」。
當時的錄音帶被謄寫成了逐字稿，題名為...
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學術
在 blogger 上使用 syntaxHighlighter (含安裝)
2012年9月1日 星期六
考慮到筆者之後可能張貼有關 R, perl, python, javascript, CSS, HTML 等語言的程式碼。為了方便閱讀起見，於是採用的似乎廣受歡迎的 syntaxHighliter。它是 Alex Gorbatchev 在2004年開發的開源碼客戶端 javascript。
安裝方式：
1. 在 Blogger 的後台，打開「設計」、「修改HTML」。
2. 輸入 CTRL+F 找到 </head>
3. 複製底下程式碼
SyntaxHighlighter.config.bloggerMode = true;
SyntaxHighlighter.config.clipboardSwf = 'http://alexgorbatchev.com/pub/sh/current/scripts/clipboard.swf';
SyntaxHighlighter.all();
4. 將這些程式碼貼在 </head>...
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html
實用的 ncRNA 資料庫
2012年6月26日 星期二
自己準備 non-coding RNA (ncRNA) 的清單未嘗不可。讓我們來想像一下準備的步驟。一，從表現量的資料中過濾出可靠的轉錄物，二，找出這些轉錄物的座標，三，比對已知的蛋白質的對應的位置，四，分離出 protein-coding transcript 與 non-coding transcript。然而當中最麻煩的步驟可能就是找出所有已知蛋白質的資訊，因為這需要蒐集各大資料庫的蛋白質註記，還有令人白髮的諸多資料前置處理的程序。
建立自己的清單還是相當重要，不過若是資料來源相當的可靠(自己動手做也比不上人家的話)，或者只是想初步檢驗問題的潛力，那麼使用別人已建立好的資源可能會是幫助自己研究過程更有效率的辦法之一。
在 2008 年，John S.Mattick 的實驗室建立了 NRED 資料庫，全名是 Noncoding RNA Expression Database。這個資料庫厲害之處在於不僅展示自己實驗室得到的數據，還搜刮了 GNF 與 Allen Brain Atlas...
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學術
淺論分辨蛋白質編碼基因和 ncRNA 的困難
2012年6月25日 星期一
人類擁有超過三億個鹼基對，然而卻只有 2.3% 的部份能夠轉錄出 mRNA。這讓人們對於那些最終未能轉成蛋白質的 DNA 區域感到好奇，它們的存在有什麼作用呢？甚至於有些科學家還以 junk DNA 形容這些區域。直到 2005 一篇發表在 Science 的研究，指出了其實細胞內有大量不在預期中的轉錄產物，而這些轉錄產物絕大多數似乎都不會成為蛋白質，了解到這項發現的重要性，於是人們開始以「暗物質」(Dark...
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學術
處理 R 的 sparse matrix 問題
2012年4月11日 星期三
遇到 sparse matrix 是很棘手的事情。原因是一不小心它會使檔案變得肥大，佔盡了記憶體資源，同時拖垮了 script 的效率。
真的是很棘手的敵人。
幸虧已經有許多人研究、提出了一些解決辦法。比如說 R 的 Matrix 套件。
了解格式
比較推薦使用的是 MatrixMarket 格式。
5 5 8
1 1 1.000e+00
2 2 1.050e+01
3 3 1.500e-02
第一行記錄的分別是 rows, columns, entries (列、行、總數)。接著每一列表示每一個 entry。可加入註解，行首以 % 標示，放在檔案的開頭處。更詳細的說明可以見此網頁。
建立 sparse matrix
可參考底下的範例，試著在 R 重複一遍(鍵入 ?sparseMatrix 查更多說明)。
i <- c(1,3:8); j <- c(2,9,6:10); x <- 7 * (1:7)
(A <- sparseMatrix(i,...
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R
用 Jensen-Shannon divergence 計算相似度
2012年4月5日 星期四
今天認識到了 Jensen-Shannon divergence，它似乎是一個常用於計算兩個機率分佈間之相似程度的方法。
where and
is Kullback–Leibler divergence
根據維基百科的條目，它又被稱為 information radius...
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R
實用的演化分析工具：ape package of R
2012年3月27日 星期二
R 套件 ape 是筆者最近發現的一個非常好用的工具，它可以幫助你從事親緣關係 (phylogenetics) 和演化的分析研究。ape package 自從在 2004 年發表在 Bioinformatics 後，至今已有超過七百次的引用數，可以想見它的應用之廣泛與實用。
標題：APE:Analyses of...
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R
值得注目的 affinity propagation clustering
2012年3月26日 星期一
近來有個問題在腦中逐漸成形，出現了將 DNA 序列做分群的需求，因此著手尋找有用的套件。結果我找到了 APCluster，一個基於 affinity propagation (AP) clustering 的 R 套件。什麼是 affinity propagation clustering？它很強大嗎？查閱了一下原始出處，才發現這個演算法竟然是發表於...
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R
研究演化的 R 套件：RPHAST
2012年3月23日 星期五
筆者會注意到 PHAST 的原因首先是因為身邊同事使用 PhastCons 的輸出資料進行分析，然後接著因為自己手上新題目的需要而尋找適當的工具，結果找到了 RPHAST ─ 一個 R 版本的 PHAST。
RPHAST 的官方下載網頁：http://compgen.bscb.cornell.edu/rphast/
原始文件：PHAST...
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R
另一則實驗：G-quadruplex 與轉錄因子 SP1 之結合
2012年3月12日 星期一
《核酸研究》 (Nucleic Acids Research) 又刊出了一個關於 G-quadruplex 的文章。標題是「透過體外實驗，非典型的 DNA 結構是轉錄因子 SP1 的結合特徵序列」(A non-canonical DNA structure is a binding motif for the transcription factor SP1 in vitro)
他們的研究與前人的研究有很大的差別在於，他們所使用的G-quadruplex 候選序列是只會形成兩個平面 (tetrad) 的，而不像之前人們多是採用會形成三個以上平面的候選序列。然而從他們的研究結果中他們認為，這種只會形成兩個平面的 G-quadruplex 在真實的細胞環境下有可能存在。它們被討論的太少了，不應該被如此忽視。
已有前人展示過鋅手指(zinc-finger)蛋白質和 G-quadruplex 結合的能力。好玩的是，SP1 也是一個鋅手指蛋白質。而透過...
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學術
測序儀大戰：GridION 和 MinION 出陣
2012年3月2日 星期五
如果真如新華網的新聞稿所言 (英研製出"USB"基因組測序儀)，能在串接的方式在 15 分鐘內以僅僅 5000 美元的代價定序完成人類的基因組，那未來定序儀的戰爭可會非常有趣了。儘管先前 Life technologies 已經率先宣成達到以 1000 美元定序人類基因組的目標 ("Ion Torrent claims...
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