實用的演化分析工具：ape package of R

R 套件 ape 是筆者最近發現的一個非常好用的工具，它可以幫助你從事親緣關係 (phylogenetics) 和演化的分析研究。ape package 自從在 2004 年發表在 Bioinformatics 後，至今已有超過七百次的引用數，可以想見它的應用之廣泛與實用。 標題：APE:Analyses of...

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值得注目的 affinity propagation clustering

近來有個問題在腦中逐漸成形，出現了將 DNA 序列做分群的需求，因此著手尋找有用的套件。結果我找到了 APCluster，一個基於 affinity propagation (AP) clustering 的 R 套件。什麼是 affinity propagation clustering？它很強大嗎？查閱了一下原始出處，才發現這個演算法竟然是發表於...

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研究演化的 R 套件：RPHAST

筆者會注意到 PHAST 的原因首先是因為身邊同事使用 PhastCons 的輸出資料進行分析，然後接著因為自己手上新題目的需要而尋找適當的工具，結果找到了 RPHAST ─ 一個 R 版本的 PHAST。 RPHAST 的官方下載網頁：http://compgen.bscb.cornell.edu/rphast/ 原始文件：PHAST...

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另一則實驗：G-quadruplex 與轉錄因子 SP1 之結合

《核酸研究》 (Nucleic Acids Research) 又刊出了一個關於 G-quadruplex 的文章。標題是「透過體外實驗，非典型的 DNA 結構是轉錄因子 SP1 的結合特徵序列」(A non-canonical DNA structure is a binding motif for the transcription factor SP1 in vitro)    他們的研究與前人的研究有很大的差別在於，他們所使用的G-quadruplex 候選序列是只會形成兩個平面 (tetrad) 的，而不像之前人們多是採用會形成三個以上平面的候選序列。然而從他們的研究結果中他們認為，這種只會形成兩個平面的 G-quadruplex 在真實的細胞環境下有可能存在。它們被討論的太少了，不應該被如此忽視。    已有前人展示過鋅手指(zinc-finger)蛋白質和 G-quadruplex 結合的能力。好玩的是，SP1 也是一個鋅手指蛋白質。而透過...

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測序儀大戰：GridION 和 MinION 出陣

如果真如新華網的新聞稿所言 (英研製出"USB"基因組測序儀)，能在串接的方式在 15 分鐘內以僅僅 5000 美元的代價定序完成人類的基因組，那未來定序儀的戰爭可會非常有趣了。儘管先前 Life technologies 已經率先宣成達到以 1000 美元定序人類基因組的目標 ("Ion Torrent claims...

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