利用 partykit 進行遞迴區分 (recursive partitioning)

2011年11月19日 星期六
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遞迴區分 (Recursive partitioning) 是一種多變量分析的統計方法。遞迴區分,基於一些可二分的 (dichotomous)相依變數,試圖建立一個可以正確分類成員的決策樹。

雖然遞迴區分多用於醫療診斷測試,但其實它的應用程度相當廣泛。

相較於迴歸分析會建立一個公式,讓醫療照護者從中計算一個病患擁有疾病的機率;遞迴區分所建立的規則像是「如果病患身上有 x, y, 或 z, 那他可能會得了 q 疾病」

R 當中的 rpart 套件可以幫你做遞迴區分。 Torsten Hothorn 及 Achim Zeileis 進一步實作了擴充的工具組,稱作 partykit,可以幫助呈現、摘要以及視覺化所得模型的樹狀結構。

底下,我們會使用 HELP 資料,分類成員是否「無家可歸」(homeless)。

ds = read.csv("http://www.math.smith.edu/r/data/help.csv")
library(rpart); library(partykit)
ds$sub = as.factor(ds$substance)
homeless.rpart = rpart(homeless ~ female + i1 + sub + sexrisk + mcs +
  pcs, method="class", data=ds)
plot(homeless.rpart)
text(homeless.rpart)



好極了,有點樣子了 (儘管有點陽春,但沒關係,待會我們會美化它)。我們可以用指令 printcp() 將分類樹的產物顯示出來。

printcp(homeless.rpart)


接著我們要利用 partykit 套件製作漂亮的圖形。 注意我們使用了 plot.party() as.party(),強迫 rpart 物件轉成適當的格式。
 
plot(as.party(homeless.rpart), type="simple")


你也可以將 type="simple" 移掉,看一看終端節點 (terminal node) 的分類情況。

plot(as.party(homeless.rpart))



想要知道更多的資訊和更多迷人的圖片,不妨參考此文件。文件裏頭有取出每個中間節點的 p-value 的範例。

相關資源:
Quick-R: http://www.statmethods.net/advstats/cart.html
消息來源: R-bloggers
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你看過 R 食譜了沒?

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Yanchang Zhao 於 R-bloggers 上介紹了一個學習 R 的好網站 :  http://code.ca-net.org/R%20Cookbook。基於不藏私的理念,站主想將此分享給欲學習 R 的人們。

使用 R cookbook,你可以:
  • 藉由 RSQLiteRMySQLRdbiPgSQLRODBC
  • 您可以存取資料庫
  • 讀取與寫入資料
  • 日期/時間變數
  • 繪圖
  • 空間資訊 (Spatial data)
  • 除錯 (Debugging)

筆者非常感激裏頭精簡實用的程式碼,往往能幫助筆者很快地製作出渴望的圖表。相信您也能從中獲益許多。

更多相關資源:
RDataMining:  http://www.rdatamining.com 
Twitter: http://www.twitter.com/RDataMining
Group on Linkedin: http://group2.rdatamining.com

photo credit: Βethan via photo pin cc
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美女科學家對於人類新生基因起源的觀點

2011年11月11日 星期五
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2011 一月,
Aoife McLysaght 在都柏林的一場演講
在最新一期的 PLoS Genetics,愛爾蘭的演化生物學家 Aoife McLysaght 寫下了她對於人類新生基因 (De novo gene) 起源的觀點。(PLoS Genetics, 2011)

相較於其它對於此一問題的答案,比如 exon shuffling, tandem duplication, retrocopying, segmental duplication 以及 genome duplication。Aoife McLysaght 的答案與研究的方式顯然很與眾不同(也很直接)。

她試著從分析研究其他靈長類的非編碼區序列,找出最有可能的新生基因。

除了在科學上的表現,筆者(害羞地)認為 Aoife McLysaght 美的簡直就像是好萊塢的明星。不相信的話請看此影片(youtube)

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